거주요건과 장기보유특별공제율(3)은 장기보유특별공제율 표1을 적용하여야 하는지 장기보유특별공제율 표2를 적용하여햐 하는지에 대한 구분을 명확히 하고자 하는데 있습니다. 장기보유특별공제율 적용시 차이에 그 실익은 1세대 1주택자의 장기보유특별공제는 일반적인 토지, 건물, 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제율과 다르게 적용하고 있다는데 그 차이가 있습니다. 3년 이상 보유 및 거주한 1세대 1주택자에 대한 장기보유공제율을 보유기간과 거주기간으로 구분하여 보유기간에 대한 공제율 최대 40%와 거주기간에 대한 공제율 최대 40%로 구분하여 10년 이상 보유와 거주를 한 경우 최대 80%까지 장기보유특별공제율을 적용하여 공제율이 일반적인 경우에 비하여 최대 50%이상 공제율이 높습니다.
1세대 1주택자가 비과세를 받기 위해서는 거주요건이 필요한 경우와 필요하지 않은 경우로 구분하여 비과세를 적용하는 것이나 장기보유특별공제는 비과세 요건을 갖춘 경우라 하더라도 고가주택에 대해서는 12억원을 초과하는 부분에 대하여 과세하기 때문에 거주요건을 갖춘 경우와 거주요건을 갖추지 않은 경우 12억원을 초과한 부분에 대하여 과세하기 때문에 각각에 따라 계산한 세액이 다르게 산출됩니다.
<표2 : 3년 이상 보유한 1세대 1주택 장기보유 특별공제율(2년 이상 거주요건 충족)>
| 구분 | 3년~ | 4년~ | 5년~ | 6년~ | 7년~ | 8년~ | 9년~ | 10년~ | |
| 공제율 | 보유기간 | 12% | 16% | 20% | 24% | 28% | 32% | 36% | 40% |
| 거주기간 | 12(8)% | 16% | 20% | 24% | 28% | 32% | 36% | 40% | |
| 합계 | 24(20)% | 32% | 40% | 48% | 56% | 64% | 72% | 80% | |
♣ 1세대 1주택 : 보유기간이 3년 이상(12%)이고 거주기간이 2년 이상 3년 미만(8%)인 경우 20%공제율 적용
1. 실수사례
거주요건과 장기보유특별공제율에 잘못 인식한 경우의 사례를 들어 보겠습니다. 홍길동씨는 2013년 5월 서울 송파구 소재 A주택을 6억원에 취득하고 2023년 11월 20억원에 양도하였습니다.
홍길동씨는 조정대상지역 지정 전에 취득한 A주택을 2년 거주가 필요 없다고 생각해 2년 이상 거주하지 아니하고 A주택을 양도하였으나 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용받지 못한 경우입니다.
** 장기보유특별공제액 : A주택 미거주시 112백만원, 2년 거주시 268백만원
2. 사례설명
2021.1.1. 이후부터 1세대 1주택자가 2년 이상 거주한 주택을 양도하는 경우 보유기간 및 거주기간에 대하여 각각 연 4%(최대 80%)의 장기보유특별공제율을 적용받을 수 있으나, 2년 이상 거주하지 않은 경우 보유기간에 대하여 연 2%(최대 30%)의 장기보유특별공제율을 적용합니다.
따라서 홍길동씨는 A주택을 거주하지 않고 양도하였으므로 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용받을 수 없고 일반적인 경우의 장기보유특별공제율을 적용합니다.
보유기간 10년 / 거주기간 2년 : 장기보유특별공제율 48%(보유10년*4%+거주2년 * 4%)
보유기간 10년 / 거주기간 0년 : 장기보유특별공제율 20%(보유10년 * 2%)
<표1 : 일반적인 경우의 장기보유특별공제율: 토지, 건물, 조합원입주권>
| 보유기간 | 3년 | 4년 | 5년 | 6년 | 7년 | ~ | 13년 | 14년 | 15년이상 |
| 공제율 | 6% | 8% | 10% | 12% | 14% | ~ | 26% | 28% | 30% |
핵심 : 조정대상지역 지정 전이나 비조정대상지역에서 주택을 취득한 경우 1세대 1주택 비과세를 적용받기 위한 2년 이상 거주할 요건을 갖추어야 할 필요는 없으나 고가주택(실지거래가액 12억원 초과)에 대한 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용받기 위해서는 2년 이상 거주하여야 합니다. 고가주택은 1세대 1주택 비과세 적용시 전액 비과세되지 않고 양도가액 12억원을 초과하는 부분에 대해서는 양도소득세가 과세됩니다.
3. 절세대책
고가주택(실지거래가액 12억원 초과)을 소유한 1세대 1주택자가 해당 주택을 양도하는 경우 최대 80%의 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용받을 수 있으므로 해당 주택에 장기간(최소 2년, 최대 10년)을 거주하는 것이 절세에 도움이 됩니다.
4. 1세대 1주택의 범위
- 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것(일시적 2주택, 상속, 동거봉양, 혼인, 농어촌주택, 장기임대주택, 장기저당담보주택, 상생임대주택, 주택과조합원입주권소유, 주택과 분양권을 소유 등)
- 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못하여 과세되는 1세대 1주택
- 고가주택
5. 보유기간의 계산
- 보유기간은 양도자산의 취득일부터 양도일까지로 계산하고 초일은 산입한다.(재산 46014-205, 2002.12.18.), 다만, 세율적용을 위한 보유기간 계산시에는 피상속인의 취득일부터 기산한다(소득법 제104조 2항 1호)
- 상속받은 자산을 양도하는 경우 상속개시일로부터 기산한다. 공동상속주택의 거주기간은 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.(소득령 제159의4)
- 배우자 또는 직계존비속 이월과세가 적용되는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다(소득법 제95조 제4항). 세율을 적용하기 위한 보유기간 계산시에서도 증여한 배우자 또는 직계존비속의 취득일부터 기산한다(소득법 제104조 제4항 제2호)
6. 예규판례
(1) 동일세대원으로부터 상속받은 고가주택의 장기보유특별공제
동일세대원으로부터 상속받은 1세대 1주택(고가주택)의 장기보유특별공제 적용시 표2(소득법 제95조 2항)적용 대상여부를 판정함에 있어 피상속인과 상속인의 동일세대원으로서 보유, 거주한 기간을 통산함(기획재정부 재산세과-720, 2021.8.10.)
(2) 1세대 2주택자가 2021.1.1. 이후 1주택을 양도(과세)한 후 남은 거주주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제 적용시 보유기간 및 거주기간의 기산일
주택 양도시 장기보유특별공제율을 계산하기 위한 보유기간은 해당 주택의 취득일부터 기산하는 것이며, 거주기간은 해당 주택의 취득일 이후 실제 거주한 기간에 따르는 것임(서면 -2021-법령해석재산-0900, 2021.4.16.) 1세대 1주택 비과세 적용이 되지 않더라도 1주택자는 장기보유특별공제율 표2 적용 가능함
(3) 1세대 3주택자가 2021.1.1. 이후 2주택을 양도한 후 남은 거주주택을 양도하는 경우 장기보유특별공제율 계산방법
3주택(A, B, C)을 보유한 1세대가 2021.1.1.이후 2주택(B, C)을 양도하여 양도일 현재 국내에 1주택(A주택)을 보유하고 보유기간(해당 주택 취득일부터 양도일까지 기간) 중 2년 이상 거주한 최종 1주택을 양도한 경우 장기보유특별공제율은 표2의 공제율을 적용하는 것임(사전-2021-법령해석재산-1337, 2021.10.29.). 1세대 1주택 비과세 적용이 되지 않더라도 일시적 2주택자는 장기보유특별공제율 표2 적용이 가능함.
(4) 거주자에서 비거주자로 다시 거주자가 된 상태에서 1세대 1주택 양도시 장기보유특별공제액 계산방법
거주자가 주택을 취득한 후 비거주자가 되었다가 다시 거주자가 되어 해당 주택을 양도하는 경우로서 양도일 현재 1세대 1주택인 경우 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은 주택의 전체 보유기간에 대한 표1에 따른 공제율과 거주자로서 보유기간에 대한 표2에 따른 공제율 중 큰 공제율을 적용하여 계산하는 것임. 다만, 거주자에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임(사전-2017-법령해석재산-0679, 2019.11.29.)
(5) 노후 등으로 멸실하고 재건축한 주택의 부수토지에 대한 공제율(토지) 적용방법
노후 등으로 인하여 종전주택을 멸실하고 재건축한 주택으로서 비과세대상에서 제외되는 고가주택을 양도하는 경우 해당 고가주택의 부수토지에 대한 장기보유 특별공제액을 계산할 때 장기보유특별공제율은 종전주택의 부수토지였던 기간을 포함한 보유기간별 공제율을 적용하는 것임(재산세과-34, 2017.1.16.)