비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 규정은 비영리법인의 인원이나 조직관리에서 영리법인에 비하여 취약할 수 있고 한국표준산업분류에 의한 각 사업을 영위할 정도가 되지 못하는 경우에는 일반 법인과 동일한 방법으로 납세의무를 이행하기 어려울 것입니다. 따라서 법인세법에서는 비영리내국법인의 과다한 협력의무를 완화하기 위하여 비영리내국법인(한국표준산업분류에 따른 사업소득에 해당하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인은 제외)이 토지, 건물, 주식, 출자지분 등을 양도하는 경우 양도차익에 대한 과세방법은 일반적인 납세의무 이행방법 이외에 특례적용방법으로 비영리내국법인의 선택에 의하여 신고할 수 있도록 하고 있습니다.
1. 과세특례적용방법
(1) 일반적인 납세의무 이행방법
일반적인 납세의무 이행방법을 적용하는 경우에는 수익사업소득에 대하여 각 사업연도 소득의 법인세의 납세의무를 이행하고 해당 비영리내국법인이 토지 등 양도소득 과세대상에 해당하는 주택이나 비사업용토지를 양도하여 법인세법 제55조의2의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용받는 경우에는 해당 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.
(2) 특례적용방법
특례적용방법이란 각 사업연도 소득에 대한 법인세 납세의무를 이행하지 아니하고 소득세법상 양도소득세에 관한 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 소득세법상 양도소득세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하는 방법을 말한다.
비영리내국법인이 토지, 건물, 주식 등의 양도차익에 대하여 법인세법에 의한 과세표준 신고를 하지 아니하고 소득세법에 따른 양도소득세 과세방식을 준용하는 특례를 적용하는 경우에 소득세법에 따른 중과세율을 적용하는 경우에는 법인세법 제55조의2의 규정에 의한 토지등의 양도소득에 대한 과세특례를 적용하지 아니합니다.
2. 과세특례 대상자산
비영리법인의 수익사업 중 주식 등의 양도소득과 고정자산의 처분으로 인하여 발생하는 수입으로서 다음 중 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(자산양도소득)이 있는 경우에 법인세 과세표준을 신고하지 않고 과세특례방식을 선택하여 적용할 수 있다.
- 소득세법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분(양도소득세 과세대상 주식 : 상장법인 등 대주주가 양도하는 주식 등 및 비상장법인의 주식 등)
- 특정주식(소령 제158조 제1항 제1호)
- 특정시설물이용권부 주식(소령 제158조 제1항 제4호)
- 부동산 과다보유법인의 주식(소령 제158조 제1항 제5호)
- 토지 또는 건물
- 부동산에 관한 권리 및 소득세법 제94조 제1항 제4호 양도소득세 과세대상 기타자산
3. 양도소득세 과세방식의 특례적용 과세표준
과세특례를 적용함에 있어서 소득세법 제92조(양도소득세 과세표준의 계산)의 규정을 준용하여 계산하는 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(양도가액)에서 필요경비를 공제하여 양도차익을 계산하고 해당 양도차익에서 장기보유특별공제 및 양도소득기본공제를 차감하여 계산한다.
4. 과세특례 양도가액과 필요경비
(1) 원칙
소득세법에 의한 양도가액 및 필요경비, 양도 또는 취득시기, 양도차익의 산정의 규정은 과세특례를 적용하는 경우 양도가액, 필요경비, 양도차익의 계산에 관한 규정을 준용한다.
(2) 공익법인 출연받은 재산의 경우
상속세법및증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 출연받은 후 3년 이내에 양도하는 자산(고유목적사업 등에 1년 이상 직접 사용한 자산은 제외)의 경우에 있어서는 해당 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 해당 법인의 취득가액으로 하며 국세기본법에 의한 신청에 의하여 승인을 받은 단체의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
5. 과세특례 적용시 기타의 준용규정
(1) 부당행위계산부인 및 양도소득금액의 구분계산
과세특례 적용시 소득세법에 의한 양도소득의 부당행위계산 및 같은법 양도소득금액의 구분계산(결손금 통산기준)의 규정은 양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고 소득세법에 의한 양도소득세액 계산의 순서의 규정은 양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다.
(2) 예정신고 및 자진납부
양도소득세 과세방식으로 계산하는 법인세는 소득세법의 양도소득 과세표준의 예정신고와 자진납부 및 예정신고 산출세액의 계산의 규정을 준용하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법에 의한 양도소득세의 분납규정은 이를 준용한다.
(3) 누진세율 적용대상 자산을 2회 이상 양도하는 경우
비영리내국법인이 소득세법의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 법인세 과세표준에 대한 신고를 한 것을 본다. 다만, 소득세법의 누진세율 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우로서 이미 신고한 양도소득과 합산하여 신고하지 아니한 경우에는 법인세 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.
6. 관련사례
(1) 교회(서이 46012-12114, 2003.12.15.)
교회가 국세기본법 제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체에 해당하는 경우(비영리법인에 해당함)라도 수익사업을 영위하는 경우에는 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 없는 것임(법인세법 제62조의2)
(2) 의료법인(서이 46012-10683, 2003.4.1.)
의료법인은 법인세법에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이므로 법인세법 규정에 의한 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 없는 것임
(3) 종친회(서이 46012-10358, 2003.2.18.)
수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 보유하고 있는 비수익사업용토지를 양도하는 경우, 당해 토지에 대하여는 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정이 적용되지 아니한는 것임.
사업소득이 없는 비영리법인이 수익사업소득인 주식양도차익이나 고정자산 양도차익을 발생시키느 경우에 법인세법에 의한 법인세를 과세하지 아니하고 개인의 양도소득세 과세방식을 적용하여 산출한 법인세를 과세하는 제도로서의 의미를 가지는 것이며 비영리법인의 자산양도에 대하여 개인의 자산양도와 동일한 조세부담을 지우는 취지라고 볼 수 있습니다.