장기보유특별공제란 부동산 양도의 경우 물가상승으로 인하여 보유이익이 과도하게 누적되는 것을 감안하여 일정기간 이상 보유한 부동산 양도에 있어 양도소득금액을 계산할 때 양도차익의 일정 부분을 공제하여 주는 제도입니다.
그 목적은 부동산의 건전한 투자행태, 소유행태를 유지하고 또한 양도소득은 계속적, 반복적으로 발생하는 사업소득과는 달리 장기간 보유함으로써 형성된 소득이 양도시점에 실현된 것이므로 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강하므로 물가상승분을 공제하는데 있습니다.
장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상인 토지, 건물(미등기 제외,) 등 에 대하여 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말합니다.
거주자(비거주자 제외)의 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 대해서는 보유기간 3년 이상이고 거주기간이 2년 이상인 경우에 각각 년간 4%의 공제율을 적용하여 계산한 금액을 공제합니다.
보유기간은 그 자산의 취득일로부터 양도일까지로 합니다. 10년 이내 배우자나 직계존비속으로부터 증여 받은 자산을 양도하는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하고 가업상속공제가 적용된 자산을 양도하는 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산합니다.
장기보유특별공제액은 해당자산의 양도차익의 범위 내에서 공제하며 과세기간에 자산별 양도차익과 양도차손이 발생하는 경우에는 먼저 각 자산별로 장기보유특별공제액을 계산하여 공제한 후 결손금을 통산합니다.
1. 장기보유특별공제 대상
보유기간 3년 이상인 토지, 건물(미등기자산 제외) 및 조합원입주권
** 조합원 입주권(조합원으로부터 취득한 것 제외)의 경우에는 관리처분계획 인가 및 사업시행계획 인가 전 토지 또는 건물분의 양도차익에 한하여 적용합니다. 즉, 권리에 대한 부분이 아닌 토지와 건물분에 상당하는 기간에 대하여 장기보유특별공제를 적용하는 것입니다.
2. 장기보유특별공제 제외
- 부동산이 아닌 자산(조합원 입주권 제외)
- 보유기간 3년 미만의 부동산
- 미등기 양도자산(법률 규정에 의하여 등기가 불가능한 자산은 제외)
- 국외부동산
- 중과세 대상인 다주택자가 양도하는 조정대상지역의 주택
3. 장기보유특별공제액의 계산
장기보유특별공제액 = 양도차익 * 보유기간에 따른 공제율
1) 토지, 건물, 조합원 입주권
| 보유기간 | 3년 | 4년 | 5년 | 6년 | ……….. | 12년 | 13년 | 14년 |
15년 이상 |
| 공제율 | 6% | 8% | 10% | 12% | 24% | 26% | 28% | 30% |
2) 3년 이상 보유한 1세대 1주택
| 구 분 | 3년 | 4년 | 5년 | 6년 | 7년 | 8년 | 9년 |
10년 이상 |
|
| 공제율 | 보유기간 | 12% | 16% | 20% | 24% | 28% | 32% | 36% | 40% |
| 거주기간 | 12(8)% | 16% | 20% | 24% | 28% | 32% | 36% | 40% | |
| 합 계 | 24(20)% | 32% | 40% | 48% | 56% | 64% | 72% | 80% | |
4. 1세대 1주택의 범위
1) 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택[(일시적 2주택, 상속 동거봉양 혼인 농어촌주택 장기임대주택) 장기저당 담보주택, 상생임대주택, 주택과 조합원 입주권 소유, 주택과 분양권 소유, 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함]을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것
** 직전 거주주택 보유주택의 임대기간에 대한 장기보유공제율은 최대 30% 적용(소득령 161조4항)
** 상생임대주택의 경우 장기보유특별공제율은 표2의 적용이 가능하나 거주기간별 공제율은 적용되지 않음
2) 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못하여 과세되는 1세대 1주택
3) 고가주택
5. 보유기간의 계산
1) 보유기간은 양도자산의 취득일부터 양도일까지로 계산하고 초일은 산입한다.(재산 46014-205, 2002.12.18.)
2) 상속받은 자산을 양도하는 경우에는 상속개시일부터 기산한다. 공동상속주택의 거주기간은 공동상속주택을 소유하는 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다. 세율적용을 위한 보유기간 계산시에는 피상속인의 취득일부터 기산합니다.
3) 배우자 또는 직계존비속 이월과세가 적용되는 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산합니다. 세율적용을 위한 보유기간 계산에서도 증여한 배우자 또는 직계존비속의 취득일부터 기산합니다.
4) 재개발, 재건축 등으로 취득한 입주권 : 재개발, 재건축 사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지(기존건물분)를 제공하고 취득한 입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가일 또는 사업시행계획인가일을 기준으로 입주권프리미엄과 기존건물분 양도차익으로 구분하여 양도차익을 계산합니다. 보유기간도 관리처분계획인가일 또는 사업시행계획인가일을 기준으로 각 기간별 보유기간을 계산합니다.
5) 재개발, 재건축 등으로 신축한 건물 : 청산금을 납부한 경우 청산금 납부분에 대한 보유기간은 관리처분계획 인가일 또는 사업시행계획인가일부터 양도일까지의 기간을 계산하며 기존 건물분의 보유기간은 기존건물분 취득일로부터 양도일까지의 기간으로 계산합니다. 그러나 청산금을 지급받은 경우에는기존건물분 취득일로부터 양도일까지의 기간으로 보유기간을 계산합니다.
6. 장기일반민간임대주택에 대한 장기보유특별공제
거주자가 공공지원 민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음의 요건을 충족하고 양도하는 경우 임대기간에 대한 장기보유특별공제액 계산시 50%를 적용하며 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 70%의 공제율을 적용합니다.
- 임대보증금(임대료)의 증가율이 5%를 초과하지 않을 것
- 국민주택규모 이하의 주택일 것
- 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것
- 장기일반민간임대주택등의 임대개시당시 6억원(수도권 밖 3억원)을 초과하지 아니할 것
7. 장기임대주택에 대한 장기보유특별공제
다음에 해당하는 장기임대주택에 대한 장기보유특별공제율은 보유기간별 연 2%를 추가하여 공제합니다.
1) 적용대상
- 거주자 또는 비거주자가 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택 및 공공건설임대주택, 장기임대주택을 소유
- 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자등록과 소득세법에 따른 사업자등록을 하고 6년 이상 임대한 후 양도하는 주택
2) 장기보튜특별공제율
| 임대기간 | 추가공제율 |
| 6년 이상 7년 미만 | 2% |
| 7년 이상 8년 미만 | 4% |
| 8년 이상 9년 미만 | 6% |
| 9년 이상 10년 미만 | 8% |
| 10년 이상 | 10% |